Her ay olan regl döngüsünde, rahim içindeki endometrium tabakası zigot oluşursa tutunabilmesi için kalınlaşmaktadır. Oluşmazsa ise kalınlaşan bu tabaka regl sırasında dışarıya atılır. Bazı ekstrem durumlarda bu dokular başka organlara yerleşebilmektedir. En çok yerleştikleri organ ise yumurtalıklardır. Yumurtalıklara yerleşen bu dokudaki hücreler, her regl döngüsünde kalınlaşmakta ve devamında dışarıya atılması gereken kanlı bir yapı oluşmaktadır. Fakat yumurtalıklarda bulundukları için dışarı atılamamakta ve kanlı kistik bir yapı oluşmaktadır. Bu kistin içindeki sıvı çikolataya benzediği için çikolata kisti olarak da adlandırılmaktadır. Her yüz kişiden ortalama beşinde görülen bu hastalık, üreme çağındaki kadınlarda görülmektedir. Genetik faktörler de bu hastalığın görülmesinde etkili olmaktadır. Aynı zamanda bu kist görüldükleri insanların, beşte ikisinde kısırlığa da sebep olmaktadır.
Tanı koyulması için öncelikle ultrasonla bir incelene yapılmalıdır. Bu kistten şüphelenildiğinde; kan testi yapılarak Ca125 değerinin yüksekliğine bakılır. Bunların yanında kesin tanı sadece laparoskopi ya da açık yapılan ameliyatla parça alınarak, ameliyat esnasında gözle muayene yaparak ve alınan parçanın patolojiye gönderilmesi sonucu koyulabilir.
Hastalığın maalesef kesin bir tedavi yöntemi bulunmamaktadır. Bu kiste karşı yapılan tedavilerde ki amaç genellikle, bireylerdeki ağrıyı gidermek ve kısırlığı engellemektir. Hormon tedavileri; yumurtalıklarda bulunan çikolata kistine sebep olan endometrium kistine etki etmesi engellenerek büyümesinin önüne geçilerek baskılanması amaçlanmaktadır. 4-5 santimetreyi geçen ve hormon tedavisine karşılık vermeyen kistlerin cerrahi tedaviyle alınması yöntemine gidilebilmektedir. Bu tedavi, bu kistin görüldüğü bireylerdeki ağrıyı giderebilmekle birlikte; kısırlık için çare değildir. Bu sebeple de eğer böyle bir durum söz konusu ise hormon tedavisi yöntemi önerilmez, bunun yerine açık ya da kapalı ameliyat yöntemi tercih edilir. Aynı zamanda şiddetli bir endometriozis durumu olması halinde de cerrahi tedavi uygulanmaktadır.